На одной из стадий производства RDF-топлива должно быть предусмотрено извлечение опасных отходов, так как они представляют опасность при переработке и попадании в конечный продукт. Например, ртутьсодержащие энергосберегающие лампы, батарейки, остатки лекарств, остатки лакокрасочной продукции, автомобильные отходы, пластики – всё это встречается в бытовом мусоре. В процессе сжигания все эти отходы могут выделять небезопасные вещества, многие из которых являются стойкими органическими загрязнителями (после попадания в окружающую среду они накапливаются, «вклиниваясь» в пищевые цепочки), тяжёлыми металлами (например, свинец в любой концентрации опасен для нашего здоровья).
Отделять опасные отходы можно было бы на этапе первичной сортировки при производстве RDF-топлива. Если на предприятии не предусмотрен этот этап, то производство становится небезопасным для окружающей среды и здоровья человека.